بررسی انحراف کدونی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی کد کننده ژن کالپاستاتین در پستانداران
نویسنده
چکیده مقاله:
چکیده سابقه و هدف: کالپاستاتین از آنزیمهای تشکیلدهنده سیستم پروتئولیتیک کالپاین است که این مجموعه پروتئینی پروتئولیتیک شامل پروتئازهای طبیعی وابسته به 2+Ca است و در شکلگیری، تجزیه بافتهای عضلانی و تردی گوشت پس از کشتار موثر بوده و به عنوان یک ژن شاخص در ارتباط با راندمان رشد و کیفیت گوشت به حساب میآید. هدف از این مطالعه ارزیابی ساختار ژنی و پروتئینی کالپاستاتین با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی در چند گونه از پستانداران بوده است. مواد و روش: در این پژوهش توالی ناحیه کد کننده ژن و پروتئین کابپاستاتین در شش گونه پستاندار (انسان، موش، گاو، کژگاو، گوسفند و بز) مورد بررسی قرار گرفت. توالیهای ژنی و پروتئینی از بانک ژن بازیابی شد و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. آنالیز همولوژی و همترازی، فیلوژنی، تنوع نوکلئوتیدی در طول ناحیه کد کننده این ژن و همچنین تنوع در کدون پایانی با استفاده از نرم افزارهای کلاستال امگا و مگا هفت انجام گرفت. برنامههای ساپما و پروتپارام برای بررسی همولوژی، تنوع اسیدهای آمینه و اسید آمینه انتهایی در ساختار پروتئینی، توالیهای بازیابی شده از پایگاه داده اِن سی بی آی، مورد استفاده قرار گرفتند. با استفاده از نرم افزار کدون دبلیو (نسخه 1.4.2) شاخصهای ترجیح کدونی برآورد شد. یافتهها: مقدار شاخص سازگاری کدون در گونه کژگاو بالاترین (256/0) و در گونه گوسفند کمترین مقدار (236/0) را داشت. آنالیز ساختار پروتئنی کالپاستاتین نشان داد که در کل توالیهای مورد پژوهش، آمینواسید لیزین با 623 جایگاه بیشترین و آمینواسید تریپتوفان با 5 جایگاه کمترین تکرار را در ساختمان این پروتئین داشتند. نسبت آمینواسیدهای قطبی به آمینواسیدهای غیر قطبی در این پروتئین 2 به 1 بود. مقدار گرایش کدونی مترادف یا کارکرد نسبی کدونهای مترادف برای آمینواسیدهای سرین و آسپارتیک اسید به عنوان اسیدآمینه انتهایی در گونههای مختلف به ترتیب برابر با (38/1AGC=) و (01/1GAU=) محاسبه گردید. گونه گوسفند دارای بیشترین اسیدیته ایزوالکتریک و گونه بز در شاخص تعداد کدونهای موثر دارای بیشترین مقدار بوده اند. نتیجه گیری: آنالیز توالی آمینواسیدی در زنجیره پروتئینی کالپاستاتین نشان داد که این پروتئین دارای بخش قابل توجهای از آمینواسیدهای آبگریز میباشد. با توجه به نقش بازدارندگی پروتئین کالپاستاتین روی فعالیت آنزیم کالپاین در عضلات و همچنین از آنجایی که بیشتر توالی کالپاین را آمینواسیدهای آبدوست شکل داده اند، نشان از نقش به سزای این آمینواسیدهای آبگریز برای فعالیت در مقابل بخش آبدوست کالپاین را دارد. آنالیز انحراف کدونی نشان داد که در بین گونههای مورد پژوهش، در گونه کژگاو شاخص ترجیح کدونی بیشتر از سایر گونهها بوده و کارکرد کدونهای بهینه در این گونه کارآمدتر از سایر گونههای مورد مطالعه نشان داده شد.
منابع مشابه
تعیین توالی و بررسی مقایسه ایی- بیوانفورماتیکی ژن کد کننده پپتید شبه کلروتوکسین از عقرب زرد ایرانی (Mesobuthus eupeus)
زمینه و هدف: در سال های اخیر نوروتوکسین های عقرب از لحاظ خواص دارویی و اثرات فیزیولوژیک مورد مطالعات زیادی قرار گرفته اند. یکی از این توکسین ها که توجه زیادی را به خود جلب کرده است، کلروتوکسین می باشد که هم اکنون در درمان سرطان های مغز مورد استفاده قرار می گیرد. این مطالعه با هدف تعیین توالی و بررسی مقایسه یی بیوانفورماتیکی cDNA کد کننده پپتید شبه کلروتوکسین از عقرب زرد ایرانی انجام شد. روش برر...
متن کاملتعیین توالی و بررسی مقایسه ایی- بیوانفورماتیکی ژن کد کننده پپتید شبه کلروتوکسین از عقرب زرد ایرانی (mesobuthus eupeus)
زمینه و هدف: در سال های اخیر نوروتوکسین های عقرب از لحاظ خواص دارویی و اثرات فیزیولوژیک مورد مطالعات زیادی قرار گرفته اند. یکی از این توکسین ها که توجه زیادی را به خود جلب کرده است، کلروتوکسین می باشد که هم اکنون در درمان سرطان های مغز مورد استفاده قرار می گیرد. این مطالعه با هدف تعیین توالی و بررسی مقایسه یی بیوانفورماتیکی cdna کد کننده پپتید شبه کلروتوکسین از عقرب زرد ایرانی انجام شد. روش برر...
متن کاملکلونینگ و تعیین توالی ژن کد کننده لیپوپروتئین سطحی LipL41 در باکتری لپتوسپیرا اینتروگانس سرووار گریپوتیفوزا
زمینه و هدف: لپتوسپیروزیس یک بیماری عفونی میباشد که توسط سرووارهای بیماریزای لپتوسپیرا ایجاد میشود. افزایش ارتقای کیفی روشهای کاربردی و معتبر در تشخیص این بیماری و همچنین تولید واکسن نوترکیب ، نیاز به آنتیژنهای اختصاصی دارد که در بین سرووارهای بیماریزای لپتوسپیرا یکسان و مشابه است. پروتئینهای غشای خارجی لپتوسپیرا (OMPs)، آنتیژنهای مؤثری میباشند که قادر به تحریک پاسخ ایمنی مشخص در دوره ...
متن کاملجداسازی، همسانهسازی و تحلیل بیوانفورماتیکی ژن کد کننده هیستامیناز نخود (Cicer arietinum) توده بومی گریت
هیستامین، یک آمین بیوژنیک مهم، توسط بسیاری از ارگانیسمها تولید میشود و نقشهای متنوعی در حیات و زندگی جانداران دارد. ذخیره هیستامین در غذا به خصوص در محصولات غذایی کنسرو شده مانند تن ماهی، سلامتی انسانها را تهدید و به بدن فرد آسیب میرساند. دی آمین اکسیداز یا هیستامیناز، هیستامین موجود در بدن انسان را تجزیه و از اثرات مضر آن میکاهد. در این مطالعه cDNA کدکننده کامل یک آنزیم آمینواکسیداز، از...
متن کاملجداسازی، همسانهسازی و تحلیل بیوانفورماتیکی ژن کد کننده هیستامیناز نخود (Cicer arietinum) توده بومی گریت
هیستامین، یک آمین بیوژنیک مهم، توسط بسیاری از ارگانیسمها تولید میشود و نقشهای متنوعی در حیات و زندگی جانداران دارد. ذخیره هیستامین در غذا به خصوص در محصولات غذایی کنسرو شده مانند تن ماهی، سلامتی انسانها را تهدید و به بدن فرد آسیب میرساند. دی آمین اکسیداز یا هیستامیناز، هیستامین موجود در بدن انسان را تجزیه و از اثرات مضر آن میکاهد. در این مطالعه cDNA کدکننده کامل یک آنزیم آمینواکسیداز، از...
متن کاملکلونینگ وتعیین توالی ژن کد کننده lipL21، در سرووارهای واکسینال لپتوسپیرا اینتروگانس
زمینه: لپتوسپیروزیس نوعی بیماری مشترک بین انسان و دام است، که توسط باکتری لپتوسپیزا اینتروگانس ایجاد میشود. ژن بیان کننده LipL21 یکی از ژنهای شناسایی شده در باکتری لپتوسپیرا است که فقط در سویههای بیماریزا وجود دارد. هدف از این تحقیق کلونینگ و آنالیز تعیین توالی ژن کد کننده لیپوپروتئین سطحی LipL21 در 5 سرووار واکسینال باکتری لپتوسپیرا اینتروگانس در ایران میباشد. مواد و روشها: سرووارهای بی...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 6 شماره 3
صفحات 12- 26
تاریخ انتشار 2018-11-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023